Миссионерский отдел Новосибирской Митрополии образован решением Епархиального Совета Новосибирской епархии в 2001 году и в 2003 году закреплен за собором во имя святого благоверного князя Александра Невского г. Новосибирска. В 2012 году с преобразованием Новосибирской и Бердской Епархии в Митрополию стал именоваться Миссионерским отделом Новосибирской Митрополии.

Структура Миссионерского отдела включает несколько подотделов, каждый из которых имеет свои цели и задачи:

Подотдел внешней миссии

• организация и проведение миссионерского плавания Корабля-Церкви «Святой апостол Андрей Первозванный»;
• организация и проведение Поезда «За духовное возрождение России»;
• организация и проведение миссионерских поездок Вагона-храма во имя Святителя Николая Чудотворца по Западно-Сибирскому региону (Новосибирская Митрополия, Барнаульская, Кемеровская, Томская, Омская епархии);
• организация и проведение миссионерского Автопоезда;
• организация и проведение общегородских и междугородних Крестных ходов.

Подотдел по патриотическому воспитанию молодежи

• Православный молодежный Миссионерский Центр.

Подотдел по связям со спортивными организациями.

• Центр по работе среди молодежи средствами спорта.

Издательский подотдел

• Издательство и выпуск миссионерской газеты «Православный миссионер», газеты для детей «Росток».
• Сайт Миссионерского отдела Новосибирской Епархии.

Миссионерский отдел Новосибирской и Бердской епархии имеет 13 сотрудников – 11 штатных и 2 внештатных:

1. Настоятель Александро-Невского собора протоиерей Александр Новопашин.
2. Председатель миссионерского отдела протоиерей Константин Работа.
3. Секретарь миссионерского отдела Е.С. Жерносенко.
4. Руководитель Дирекции детских оздоровительных лагерей, духовник летнего детского православного лагеря во имя преп. Серафима Саровского с. Завьялово Искитимского района иерей Игорь Гребенников.
5. Сотрудник миссионерского отдела иерей Андрей Тупиченко.
6. Сотрудник миссионерского отдела иерей Дмитрий Полинкевич.
7. Сотрудник миссионерского отдела диакон Алексей Назаров.
8. Руководитель спортивного подотдела Б.Е. Левитан.
9. Руководитель молодежного миссионерского центра А.В. Сильвестров.
10. Корреспондент Д.Д. Кокоулин.
11. Фотокорреспондент Е.В. Науменко.
12. Выпускающий редактор епархиального издания «Православный Миссионер» М.А. Заварзина.
13. Веб-мастер Ю.Г. Рагозин.